食品工程系设有食品科学与工程、食品质量安全两个本科专业和食品营养与检测一个专科专业。该系是学校较早设置的系部，发展较为成熟。师资力量雄厚，由加拿大籍华人李毅教授担任教学牵头人，以江南大学、华中农业大学、华南农业大学等院校毕业的博士为骨干组成青年教师团队，教师中具有博士、硕士学位的超过96%。系内教师科研水平较高，承担了省、市级及校级的8项科研课题和5项教研课题，在国内外核心期刊发表学术论文五十多篇，出版教材十多部。培养设施齐全，拥有优越的科研基地和先进的技术平台，与武汉多所院校和科研机构建立了密切联系。教育理念务实，本着“理论与技术并行，知识服务产业”的核心理念，着力于应用型、创新型人才的培养，注重素质教育、创新教育和创业教育，重视实践教学，拥有50余个稳定的毕业生实习实训和就业基地。在此基础上，该系学生实用技能培养成绩显著，先后获得湖北省人力资源和社会保障厅、武汉市人力资源和社会保障局、中国检验认证集团、中国质量认证中心等政府机构和部门组织的认可并与其建立了密切的合作关系。在师生的共同努力下，学生升学深造方面和就业创业方面成绩显著，普通本科生考研率一直保持在学校院系前列，一大批优秀毕业生考取国家重点大学硕士研究生。毕业生就业率一直保持在98%以上，其中85%以上的毕业生在省内外卫生、检疫检验、农业、生物能源、环境与资源以及食品加工等行业从事与专业相关的教学、科研、生产、管理、检验等工作。并且涌现出了一大批自办公司、成功创业的优秀校友典型。